Die inhaltliche Ausrichtung orientiert sich an den Zielvorstellungen der EU-Kohäsionspolitik (wirtschaftliche, soziale und territoriale Kohäsion) und den Zielsetzungen der Strategie "Europa 2020" für ein intelligentes, nachhaltiges und integratives Wachstum. Sie berücksichtigt den Kontext der makroregionalen Strategie des Donauraums (EUSDR) sowie die Bestrebungen zur Entwicklung der zwischenzeitlich verabschiedeten makroregionalen Strategie für den Alpenraum (EUSALP).
Auf nationaler Ebene werden zentrale Ziele und Rahmenbedingungen durch die FTI-Strategie Österreich 2020 „Der Weg zum Innovation Leader“ gesetzt. Weiters sind die österreichische Energiestrategie 2020 sowie die Österreichische Klimastrategie mit den damit verbundenen Klimazielen und - im Hinblick auf die territoriale Dimension - das Österreichische Raumentwicklungskonzept 2011 (ÖREK 2011) zu nennen. Diese Strategien und ihre Ziele fließen letztlich in das Nationale Reformprogramm ein. Im Rahmen der Vorbereitung der Kohäsionspolitik in Österreich 2014-2020 wurde auch die mit der Europäischen Kommission abzuschließend Partnerschaftsvereinbarung (STRAT.AT 2020) entwickelt, mit der das Operationelle Programm kohärent ist.
Schwerpunkte des Programms IWB/EFRE Österreich 2014-2020 sind die Bereiche der Forschung und Innovation, der CO2-Einsparung und Energieeffizienz sowie die insgesamt von EU- und nationaler Seite verfolgte Intention „in Wachstum zu investieren“. Dies wird ergänzt durch die kohäsionspolitisch vorgesehenen territorialen Aspekte, insbesondere im Rahmen der städtischen bzw. Stadt-Umland-Entwicklung (funktionale Räume). Für das Beschäftigungsziel wird ein Beitrag durch die unmittelbaren Arbeitsplatzeffekte, vor allem jedoch längerfristig durch eine effiziente und innovative Wirtschaft geleistet.
Die Ausrichtung folgt im Kern einer wirtschaftsorientierten Entwicklungsstrategie, wobei Österreich insbesondere „auf dem Weg zum Innovation Leader“ unterstützt werden soll. Vor diesem Hintergrund werden mit Hilfe des Österreich-Programms IWB/EFRE 2014-2020 regionalpolitische Beiträge zur Erreichung der Europa 2020 Ziele und der korrespondierenden Österreich-Ziele geleistet.
Entsprechend der Vorgaben in der EFRE-Verordnung 1301/2013 und im Sinne der Konzentrationsanforderungen erfolgt eine Schwerpunktsetzung auf folgende thematische Programmziele: