Im Rahmen der grenzüberschreitenden Kooperation (auch als Interreg A oder Cross Border Cooperation bezeichnet) ist Österreich in der Periode 2021-2027 wie bisher an folgenden Programmen beteiligt:
Österreich werden für das Ziel „Europäische Territoriale Kooperation“ EU-Mittel von rund 220 Millionen Euro zugeteilt, davon entfallen rund 85% auf die sieben grenzüberschreitenden Programme und 15% auf die drei transnationalen Programme. Dieses Ziel wird ausschließlich über den EFRE kofinanziert.
Mit dem Ziel einer längerfristigen innerösterreichischen Vernetzung der sieben grenzüberschreitenden ETZ-Programme wurde 2011 die AG CBC (Arbeitsgruppe Cross Border Cooperation) als ständige Arbeitsgruppe in der ÖROK-Geschäftsstelle eingerichtet. In regelmäßigen Treffen werden diverse Themen wie Programminhalte, Projektauswahl und Evaluierung sowie Schnittstellen mit anderen Programmen abgestimmt. Zu den Mitgliedern zählen neben den Regionalkoordinatoren der Bundesländer das BML sowie mehrere Bundesministerien und die CBC-Verwaltungsbehörden mit Sitz in Österreich.