Im EU-Vertrag (Art. 158 und 160) ist das Ziel des wirtschaftlichen und sozialen Zusammenhalts verankert. Damit ist die Förderung von wirtschaftlich benachteiligten Regionen sowie von Maßnahmen zur besseren Integration der Arbeitskräfte als ein ebenso wichtiges Ziel wie der gemeinsame Binnenmarkt oder die Wirtschafts- und Währungsunion festgehalten. Für die Erreichung dieses Ziels stellt die Europäische Union beträchtliche Haushaltsmittel zur Verfügung, nämlich die "strukturpolitischen Instrumente", die mit über 30% nach den Ausgaben für die Gemeinsame Agrarpolitik die zweitgrößte Position im EU-Haushalt darstellen.
Folgende Finanzierungsinstrumente werden im Zeitraum 2000-2006 zu den Strukturfonds im engeren Sinne gezählt:
Zu den strukturpolitischen Instrumenten zählt weiters der Kohäsionsfonds. Aus diesem werden in den Mitgliedstaaten, deren Brutto-Sozialprodukt pro Einwohner weniger als 90% des EU-Durchschnitts beträgt (Spanien, Griechenland und Portugal sowie - auslaufend - Irland), Projekte in den Bereichen Umwelt und transeuropäische Verkehrsnetze unterstützt.
Diese Instrumente wurde für die EU-Haushaltsperiode 2000-2006 im Rahmen der AGENDA 2000 auf dem Europäischen Rat von Berlin im März 1999 finanziell mit 213 Mrd. € (Strukturfonds: 195 Mrd. €, Kohäsionsfonds: 18 Mrd. €) ausgestattet und inhaltlich neu ausgerichtet. Die neuen Rahmenbedingungen für die europäische Regionalpolitik wurden dabei einerseits durch die bevorstehende Erweiterung der Union, anderseits durch das Ziel einer größeren inhaltlichen Konzentration der Strukturfonds sowie einer klareren Aufgabenverteilung zwischen Europäischer Kommission, Mitgliedstaaten und regionalen Behörden geprägt.
Gemäß Artikel 1 der "Allgemeinen Strukturfondsverordnung" gelten für den Zeitraum 2000–2006 drei "vorrangige Ziele", für die die Mittel der Strukturfonds eingesetzt werden sollten. 94 % der Strukturfondsgelder wurden für diese vergeben. Die regionalpolitischen Ziele konzentrieren sich auf
Die Anpassung und Modernisierung der Bildungs-, Ausbildungs- und Beschäftigungspolitiken ist Gegenstand von Ziel 3, das außerhalb von Ziel 1 horizontal angewendet wird und somit keiner regionalen Differenzierung unterliegt.
Die Maßnahmen zur Entwicklung des ländlichen Raums werden im Rahmen von Ziel 1 aus Mitteln der Strukturfonds (EAGFL-A) und außerhalb von Ziel 1 im Rahmen der Gemeinsamen Agrarpolitik (GAP) gefördert.
Weitere 5,35 % der Strukturfonds sind für die sogenannten Gemeinschaftsinitiativen vorgesehen:
Die Umsetzung der Strukturfondsförderung (Ziele und Gemeinschaftsinitiativen) erfolgt über Programme. Dafür war vom Mitgliedstaat beziehungsweise den zuständigen Behörden ein "Einheitliches Programmplanungsdokument" und eine "Ergänzung zur Programmplanung" zu erstellen.