Die Strukturfondsverordnungen für die Periode 2000-2006 fordern klarere Verantwortlichkeiten bei der Umsetzung der Programme (Ziele und Gemeinschaftsinitiativen), als dies in der Vergangenheit der Fall war. Ein besonderes Augenmerk wird auf eine verbesserte Finanzkontrolle gelegt. Zentrale "Institutionen" sind die Verwaltungsbehörde, die Zahlstelle und der Begleitausschuss.
Die Verwaltungsbehörde ist verantwortlich für die „Wirksamkeit und Ordnungsmäßigkeit der Verwaltung und Durchführung“ der einzelnen Programme. In Österreich wurde diese Aufgabe bei den regionalen Zielprogrammen (Ziel 1 und 2) von den Ämtern der Landesregierungen wahrgenommen, für Ziel 3 vom Bundesministerium für Wirtschaft und Arbeit (BMWA). Die Verwaltungsbehörde bei der Gemeinschaftsinitiative LEADER+ war das Bundesministerium für Land- und Forstwirtschaft, Umwelt und Wasserwirtschaft (BMLFUW), für EQUAL das BMWA und für die URBAN II-Programme die Magistrate der Städte Wien und Graz. Im Bereich von INTERREG wurden von den beteiligten Mitgliedstaaten unterschiedliche Lösungen vereinbart.
Die Zahlstellen wickeln den Zahlungsverkehr zwischen der Europäischen Kommission und den Empfängern von Strukturfondsgeldern ab. In Österreich wurde entschieden, für jeden der vier Strukturfonds jeweils eine Zahlstelle auf Bundesebene einzurichten:
EFRE: Bundeskanzleramt
ESF: Bundesministerium für Wirtschaft und Arbeit
EAGFL-A und den FIAF: Bundesministerium für Land- und Forstwirtschaft, Umwelt und Wasserwirtschaft
Die Begleitausschüsse nehmen die Funktion des "Aufsichtsrates" bei der Abwicklung der Programme war. Sie tagten in der Regel ein- bis zweimal jährlich unter der Leitung der Verwaltungsbehörde. Die Mitglieder des Begleitausschusses setzten sich hauptsächlich aus VertreterInnen der beteiligten nationalen Förderstellen sowie der Sozialpartner zusammen, aber auch VertreterInnen von NGOs für die Bereiche Umwelt und Chancengleichheit wurden hinzugezogen. Die Europäische Kommission hatte Beobachterstatus.
Bedingt durch das komplexe österreichische Fördersystem, das für einzelne Projekte finanzielle Beiträge von verschiedenen Förderstellen auf Bundes-, Landes- oder kommunaler Ebene ermöglicht, wurden in den Programmen für jede "Maßnahme" sogenannte "Maßnahmenverantwortliche Förderstellen" bestimmt, die für die Koordinierung der verschiedenen nationalen öffentlichen Geldgeber in dieser Maßnahme verantwortlich waren. Die Abwicklung der EU-Förderung auf Einzelprojektebene (Antragstellung, Genehmigung, Abrechnung) wurde durch die sachlich oder räumlich zuständigen Bundes- oder Landesförderstellen durchgeführt.
Um die Verantwortlichkeiten bei der Implementierung der Strukturfonds für die Periode 2000-2006 auch innerhalb Österreichs klarer zu regeln, wurden diese - aufbauend auf die Erfahrungen mit den Strukturfondsprogrammen der Periode 1995-1999 und unter bestmöglicher Nutzung der bestehenden Verwaltungsstrukturen und -kapazitäten - in der "Vereinbarung zwischen dem Bund und den Ländern gemäß Artikel 15a B-VG über Regelungen zur partnerschaftlichen Durchführung der Regionalprogramme im Rahmen der EU-Strukturfonds in der Periode 2000 bis 2006" festgelegt.
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