Förderungen der EU sind grundsätzlich als Ergänzung zu entsprechenden nationalen Förderungsmaßnahmen konzipiert. Die Bereitstellung von Förderungsmitteln aus den EU-Fonds ist immer an den Einsatz der nationalen (regionalen, kommunalen und/oder auch privaten) Mittel gebunden.
Die Strukturfonds beteiligen sich an Maßnahmen in Ziel 1-Gebieten mit höchstens 75 % und an Maßnahmen in Ziel 2- und Ziel 5b-Gebieten mit höchstens 50 % der jeweiligen Gesamtkosten, wobei in Ziel 1-Gebieten mindestens 50 % und in Ziel 2- bzw. Ziel 5b-Gebieten mindestens 25 % der öffentlichen Aufwendungen übernommen werden.
Die Förderung erfolgt in engem Zusammenwirken der EU-Kommission mit dem jeweiligen Mitgliedsstaat und dessen zuständigen Stellen auf nationaler, regionaler und lokaler Ebene.
ZUr Durchführung der Strukturfondsinterventionen wurden Gemeinschaftliche Förderkonzepte, Programmplanungsdokumente oder Operationelle Programme erstellt. Einheitliche Programmplanungsdokumente beispielsweise umfassten folgende Inhalte: Analysen der (wirtschaftlichen) Struktur der Region, deren Stärken und Schwächen, eine Analyse der Umweltsituation, die geplanten Entwicklungsstrategien und -ziele, die mit dem Programm zu setzenden Prioritäten und Maßnahmen, die zum Einsatz kommenden Förderungsinstrumente sowie ein Zeit- und Finanzplan. Der Finanzplan sollte auch einen Vorschlag für den Finanzierungsanteil der EU-Fonds beinhalten. Weiters sollte das EDPP die Zuständigkeiten und auch die Umweltauswirkungen der geplanten Maßnahmen darlegen. Auch die erwarteten wirtschaftlichen Effekte waren zu beschreiben.
Die Begleitung der Programmumsetzung erfolgte durch die sogenannten Begleitausschüsse, die sich aus VertreterInnen der Europäischen Kommission und des Mitgliedstaates zusammensetzen.
Die fondspezifische Zuständigkeit in Österreich lag beim Bundeskanzleramt für den EFRE, beim Bundesministerium für Arbeit und Soziales für den ESF sowie beim Bundesministerium für Land- und Forstwitschaft für den EAGFL und den FIAF.