Zentrale Institutionen für die Umsetzung der Strukturfonds-Programme sind in der Periode 2007-2013 die Verwaltungsbehörden, die Bescheinigungsbehörden und der Begleitausschuss.
Die Verwaltung der Regionalprogramme obliegt den Ämtern der Landesregierungen (im Burgenland für das Ziel „Konvergenz“ dem Regionalmanagement Burgenland, in Kärnten für das Ziel „Regionale Wettbewerbsfähigkeit“ dem Kärntner Wirtschaftsförderungsfonds) beziehungsweise für das nationale ESF-Programm dem Bundesministerium für Arbeit, Soziales und Konsumentenschutz (BMASK).
Die Bescheinigungsbehörden wickeln den Zahlungsverkehr zwischen der Europäischen Kommission und den Empfängern von Strukturfondsgeldern ab. Betreffend die aus dem EFRE kofinanzierten Regionalprogramme ist die Bescheinigungsbehörde wieder im Bundeskanzleramt (Abteilung IV/4), für die aus dem ESF kofinanzierten Programme im BMASK eingerichtet. Zur operativen Umsetzung kann diese Dritte mit der Abwicklung betrauen, für den EFRE erfolgt dies bislang durch die Einrichtung des aws/ERP-Fonds.
Die konkrete Abwicklung der Projekte erfolgt durch die Verantwortlichen Förderstellen (VFS) die im Auftrag der Verwaltungsbehörden als "zwischengeschaltete Stellen" fungieren. Neben den Ländern sind auch Bundesförderstellen maßgeblich an der Umsetzung der Programme beteiligt. Die Kofinanzierungsmittel des EFRE und ESF werden dabei überwiegend auf Basis von Förderrichtlinien des Bundes oder der Länder vergeben.
Die Begleitausschüsse haben die Funktion des „Aufsichtsrates“ bei der Abwicklung und Umsetzung der Programme inne. Für die Strukturfondsperiode 2007-2013 gibt es einen Begleitausschuss für das Ziel „Konvergenz/Phasing Out Burgenland“ (EFRE und ESF), einen gemeinsamen Begleitausschuss für die acht regionalen Programme „Regionale Wettbewerbsfähigkeit und Beschäftigung – EFRE“ der anderen Bundesländer sowie einen Begleitausschuss für das Österreich-weite Programm „Beschäftigung" (ESF). Die Begleitausschüsse tagen in der Regel ein Mal jährlich unter dem Vorsitz der Verwaltungsbehörden.
Die ÖROK fungiert als Koordinierungsplattform für den Bereich der EU-Regionalpolitik. Auf ÖROK-Ebene wurde etwa in Vorbereitung der Periode 2007-2013 der STRAT.AT (Nationale Strategische Rahmenplan Österreichs 2007-2013) erstellt, die nationale Verteilung der EU-Mittel auf die Regionalprogramme oder die Programmierung der OPs koordiniert. Die ÖROK-Geschäftsstelle hat die Sekretariatsfunktion für die Begleitausschüsse zu Ziel „Konvergenz/Phasing Out“ und „Regionale Wettbewerbsfähigkeit & Beschäftigung – EFRE“ inne.