Die Struktur des Operationellen Programms basiert auf den europäischen Vorgaben der ESI-Fonds-Verordnungen und der darin vorgesehenen Thematischen Ziele und Investitionsprioritäten in Verbindung mit den Konzentrationserfordernissen. Das Programm gliedert sich in sechs Prioritätsachsen, eine davon für die Technische Hilfe, also dem Budget für die administrative Abwicklung des Programms. Von der europäischen Ebene ist eine starke Konzentration auf Forschung und technologische Entwicklung/Innovation, KMU und CO2-Reduktion vorgeben.
Im Rahmen dieser drei thematischen Kernziele 1, 3 und 4 werden insgesamt sieben Investitionsprioritäten unterstützt. Ergänzend werden für die städtische und territoriale Dimension im Sinne des integrierten Ansatzes drei weitere Thematische Ziele (6, 8 und 9) mit vier zusätzlichen Investitionsprioritäten angesprochen. Den Vorgaben entsprechend sind in Prioritätsachse 4 des Programms 5% der insgesamt rund 536 Mio. Euro EFRE-Mittel für integrative Stadtentwicklungsmaßnahmen vorgesehen.