Die transnationale Kooperation – in der Periode 2000-2006 INTERREG III B – sowie die Interregionale Kooperation fanden in der Strukturfondsperiode 2007-2013 im Rahmen des Ziels "Europäische Territoriale Zusammenarbeit" eine Fortsetzung. Die auffälligste Änderung für Österreich war dabei, dass es nunmehr an 3 transnationalen Kooperationsprogrammen (bisher nur 2) beteiligt war:
Neben den grenzüberschreitenden und den transnationalen Kooperationsprogrammen liefen unter dem Ziel "Europäische Territoriale Zusammenarbeit" für die Förderperiode 2007-2013 auch folgende interregionale bzw. Netzwerk-Programme: