Das Alpenraumprogramm 2007-2013 zielte darauf ab, die Wettbewerbsfähigkeit und Attraktivität des Kooperationsgebiets durch gemeinsame Aktivitäten in jenen Bereichen zu steigern, in denen transnationale Kooperationen für nachhaltige Lösungen erforderlich sind.

Dieses übergeordnete Programmziel wurde weiters in sechs spezifische Programmziele für die Programmperiode 2007-2013 differenziert: 

• Stimulierung von Innovation, Unternehmertum sowie Stärkung von Forschung und Innovationskapazitäten bei KMUs;
• Förderung einer ausgeglichenen Raumentwicklung, um den Alpenraum zu einem attraktiven Lebens-, Arbeits- und Investitionsraum zu entwickeln;
• Verbesserung des Zugangs in und zum Alpenraum sowie das Management der ökonomischen und ökologischen Auswirkungen von Verkehrssystemen;
• Verbesserung des Zugangs zu Dienstleistungen und Erhöhung der Erschließungsqualität innerhalb des Alpenraums;
• Schutz, Management und Nutzung der natürlichen und kulturellen Potenziale für eine nachhaltige Entwicklung;
• Verhinderung, Abmilderung und Management von Naturrisiken und technologischen Gefahren insbesondere im Hinblick auf die Auswirkungen des Klimawandels.

Die Periode 2007-2013 unterscheidete sich bei transnationalen Projekten neben der thematischen Ausrichtung auf Lissabon und Göteborg vor allem durch die erhöhte Outputorientierung der Projekte.

• Einbettung in übergeordnete Strategien: Das transnationale Projekt trägt zur Erfüllung der Ziele auf Programmebene bei, ist in nationale (z.B. in Österreich"strat.at" und transnationale Strategien (z.B. Alpenkonvention) eingebettet
• Nicht bei Null anfangen: Das Projekt geht auf die Charakteristika des Alpenraumprogramms ein, baut auf bereitsbestehendem Wissen auf und wählt dabei einen innovativen und integrierten Ansatz.
• Ergebnisse für Land und Leute: Das Projekt ergebnisorientiert und umsetzungsorientiert (z.B. über Pilotprojekte) und wird in den Regionen wahrgenommen (Sichtbarkeit)
• Eine ausgewogene Partnerschaft: Das Projekt bindet alle für die Umsetzung relevanten Akteure ein. Es nutzt Erfahrungsaustausch und Netzwerke, um die Projektziele umzusetzen und hat klare, effiziente und transparente Managementstrukturen.

Neben diesen allgemeinen, für alle drei transnationalen Programme geltenden Hinweisen sieht das OP des Alpenraumprogramms für Projekte folgende strategische Prinzipien vor:

• Innovationsorientierter Ansatz: Innovation ist ein übergeordnetes Leitbild des Programms. Dies beinhaltet Innovationen bei Projektthemen, Partnerschaften und Methoden, aber auch bei der Anwendung neuer Technologien.
• Gebirgsorientierter Ansatz: Obwohl das Programmgebiet sehr unterschiedliche geographische Gegebenheiten abdeckt, wird es durch die Alpen, ihre Potenziale, Ressourcen und Probleme charakterisiert. Aus diesem Grund soll dem Gebirgsraum besondere Beachtung geschenkt werden.
• Integrativer Ansatz: Das Programm fördert Kooperationen auf vertikalen (zwischen verschiedenen Ebenen), horizontalen (zwischen verschiedenen politischen und fachlichen Sektoren) und geographischen (zwischen politisch-administrativen Grenzen) Integrationsebenen.
• Nachhaltigkeit und Chancengleichheit: Das Leitbild der Nachhaltigkeit gemäß Art. 17 der VO (EG) Nr. 1083/2006 und das Prinzip der Chancengerechtigkeit und Nichtdiskriminierung gemäß Art. 16 der VO (EG) Nr. 1083/2006 muss von allen Projekten befolgt werden.

Die Projekte sollen auch die Ziele auf Programmebene erfüllen, diesbezüglich sind v.a. die folgenden Prinzipien zu beachten:

• Weiterentwicklung vorhandener Potenziale im Alpenraum
• Einbindung relevanter Akteure und politische Unterstützung
• Aufbau auf bisherigen Ergebnissen und Erfahrungen
• Konkrete und sichtbare Projektaktivitäten
• Koordinierung mit anderen relevanten EU-Programmen

Ob eine Förderung prinzipiell in Anspruch genommen werden konnte, wurde vor allem anhand der folgenden technischen Kriterien geprüft:

• Transnationale Projektpartnerschaft, also Partner aus mindestens 3 Ländern (wovon 2 EU-Mitgliedsstaaten sein müssen)
• Keine Förderung durch andere EU-Programme
• Zeitgerechtes Einreichen und Vollständigkeit der eingereichten Unterlagen

Zur inhaltlichen Bewertung wurden eigene Selektionskriterien festgelegt. Hiezu wurde auf die bereits oben erwähnten Prinzipien zurückgegriffen. Weitere erwünschte Charakteristika wurden im Programme Implementation Handbook beschrieben (u.a. zum Projektmanagement) bzw. im Zuge der Calls in den jeweiligen Terms of Reference beschlossen.