Im Laufe der Projektumsetzung muss jedes Projekt regelmäßig über die Projektimplementierung berichten. Dies geschieht im Rahmen von Fortschrittsberichten ("progress reports"). Die Legung dieser Fortschrittsberichte ist gemeinsam mit der Zertifizierung von Kosten die Grundlage für die Zahlungsflüsse an die Projekte.
Der letzte Fortschrittsbericht ist gleichzeitig der Endbericht, der sogenannte "final report", der zum Projektabschluss dient.
Die Berichterstattung erfolgt ebenfalls online über das elektronische System "eMS".
Relevante Informationen zu den Schritten nach der Projektgenehmigung (wie etwa Vertragsunterzeichnung) sowie zu weiteren Themen in der Projektimplementierung wie Berichtswesen, Förderfähigkeit von Kosten, Projektänderungen oder Projektabschluss sind auf der Programm-Website im Bereich "Documents" (Dokumente: Implementation Manual, Project Management Toolbox, Project Finances Toolbox, Project Communication Toolbox) ausführlich angeführt. Ebenfalls können in diesem Bereich die Vertrags-Vorlagen (Subsidy Contract, Partnership Agreement) online eingesehen werden.