Das generelle Programmziel nimmt direkten Bezug auf die Lissabon- (Wachstum, Wettbewerbsfähigkeit, Beschäftigung) und Göteborg-Agenden (Nachhaltigkeit) und besagt, dass das Programm den territorialen, ökonomischen und sozialen Integrationsprozesses vorantreiben und einen Beitrag zur Kohäsion, Stabilität und Wettbewerbsfähigkeit leisten soll. Dies soll durch die Entwicklung transnationaler Partnerschaften und gemeinsamer Vorgehensweise in Belangen strategischer Wichtigkeit erreicht werden. (siehe Operationelles Programm SEE)
Die strategische Vorgehensweise wird in den drei spezifischen Programmzielen deutlich:
Die Programmstrategie fußt auf diesem übergeordneten Programmziel und den drei spezifischen Programmzielen, welche wiederum in fünf Prioritäten umgesetzt wurden.
Die vier inhaltlichen Programmprioriäten Innovation, Umwelt, Erreichbarkeit und Nachhaltiger Wachstum stellten die Programmschwerpunkte dar, unter denen transnationale Projekte gefördert wurden. Die fünfte Priorität, Technische Hilfe, diente der Implementierung und das Management des Programmes. Die vier inhaltlichen Programmprioritäten wurden zudem in Subeinheiten / Handlungsfeldern (AoI - Areas of Intervention) untergliedert. Jedes Projekt musste sich nach seinem jeweiligen Hauptfokus einer AoI einer Priorität zuordnen.
In folgenden vier inhaltlichen Programmprioritäten und AoIs konnten Projekte in SOUTH-EAST EUROPE umgesetzt werden: