Das generelle Programmziel nimmt direkten Bezug auf die Lissabon- (Wachstum, Wettbewerbsfähigkeit, Beschäftigung) und Göteborg-Agenden (Nachhaltigkeit) und besagt, dass das Programm den territorialen, ökonomischen und sozialen Integrationsprozesses vorantreiben und einen Beitrag zur Kohäsion, Stabilität und Wettbewerbsfähigkeit leisten soll. Dies soll durch die Entwicklung transnationaler Partnerschaften und gemeinsamer Vorgehensweise in Belangen strategischer Wichtigkeit erreicht werden. (siehe Operationelles Programm SEE)
Die strategische Vorgehensweise wird in den drei spezifischen Programmzielen deutlich:
Die Programmstrategie fußt auf einem übergeordneten Programmziel und drei spezifischen Programmzielen, welche in fünf Prioritäten umgesetzt werden: