Die Entwicklung der Strukturfonds, deren Funktion, inhaltliche Ausrichtung und finanzielle Ausstattung spiegeln sowohl den Einigungsprozess Europas als auch die damit verbundenen Herausforderungen wider.
Als einer der ersten Strukturfonds wurde im Jahr 1958 der Europäische Sozialfonds (ESF) gegründet. Ziel war es, die Chancen der Menschen auf dem Arbeitsmarkt zu verbessern. Die Schaffung von Arbeitsplätzen sowie Ausbildung waren die zentralen Förderschwerpunkte.
Im Jahr 1962 wurde zur Finanzierung der gemeinsamen Agrarpolitik der Ausrichtungs- und Garantiefonds für die Landwirtschaft (EAGLF) eingerichtet, der auch einen großen Teil des Gesamthaushalts der Europäischen Union in Anspruch nimmt. Seit 2007 zählen die Agrarförderungen der EU jedoch formell nicht mehr zu den Strukturfonds. Die EU-Programme für die ländliche Entwicklung werden jedoch nach sehr ähnlichen Prinzipien verwaltet.
Mit dem Beitritt Dänemarks, Irlands und des Vereinigten Königreichs zeigte sich, dass die bisherigen strukturpolitischen Instrumente nicht ausreichten. Als Konsequenz daraus wurde im Jahr 1975 der Europäische Fonds für regionale Entwicklung (EFRE) gegründet. Ziel war es, Regionen mit rückläufiger Entwicklung zu unterstützen. Damit sollte sowohl eine Umverteilung zwischen begünstigten und besonders benachteiligten Regionen erreicht werden als auch ein Ausgleich für die hohe finanzielle Unterstützung der Landwirtschaft geschaffen werden.
Im Jahr 1988 erfolgt vor dem Hintergrund der Süderweiterung (Spanien, Portugal, Griechenland) nicht nur eine Neuorientierung der Strukturpolitik, es kommt auch zu einer umfassenden Reform der Strukturfonds.
Mit dem Vertrag über die Europäische Union im Jahr 1993 wird die Kohäsion zu einem der Hauptziele der Union erklärt. Daraufhin werden noch zwei neue Fonds eingerichtet: der Kohäsionsfonds und das Finanzierungsinstrument für die Ausrichtung der Fischerei (FIAF).
Seit der Periode 1994 bis 1999 wird rund ein Drittel des Gemeinschaftshaushaltes für die Kohäsionspolitik bereitgestellt.
Im Jahr 1995 wird die Gemeinschaft zum dritten Mal um Schweden, Finnland und Österreich erweitert. Nun werden auch in Österreich erstmals Strukturfondsprogramme eingesetzt.
Die Programme der Kohäsionspolitik für die Finanzperiode 2000-2006 wurden bereits in Hinblick auf die bevorstehenden Erweiterungsrunden konzipiert. Die bereitgestellten Mittel wurden noch stärker zugunsten der am stärksten benachteiligten Regionen und Bevölkerungsgruppen konzentriert.
In den Programmen der Periode 2007-2013 wurde der Förderungsschwerpunkt der Fonds klar auf die neuen Mitgliedstaaten ausgerichtet.
Die für die Kohäsionspolitik 2007-2013 zur Verfügung stehenden Finanzinstrumente sind die Strukturfonds EFRE (Europäischer Fonds für Regionale Entwicklung) und ESF (Europäischer Sozialfonds), für die wirtschaftlich schwächsten Mitgliedsstaaten auch der Kohäsionsfonds.