Transnationale Programme werden zentral, das heißt von einer Stelle, der Verwaltungsbehörde, verwaltet und von einem Gemeinsamen Technischen Sekretariat unterstützt. Beide Stellen sind im Programm CENTRAL EUROPE bei der Stadt Wien angesiedelt. Unterstützt werden diese Stellen vom Netzwerk der nationalen Contact Points.
In Österreich gibt es zudem das Nationale Komitee, welches der österreichischen Positionierung in den Begleitausschüssen (MC – Monitoring Committee) dient.
Auf Programmebene sind zudem weitere Einrichtungen von Relevanz: Die Bescheinigungsbehörde (CA – Certifying Authority) sowie die Prüfbehörde (AA – Audit Authority).
Die Organisationsstruktur zur Abwicklung des Programms sieht wie folgt aus: