Für das Management des SOUTH-EAST EUROPE Programms 2007-2013 sind sowohl transnationale wie auch nationale Einrichtungen von Relevanz.
Die Verwaltungsbehörde (MA – Managing Authority) hat ihren Sitz in Budapest, ebenso das Gemeinsame Technische Sekretariat (JTS – Joint Technical Secretariat).
Unterstützt werden sie durch das Netzwerk nationaler Kontaktstellen, welche im SOUTH-EAST EUROPE Programm SEE Contact Points genannt werden. In Österreich wird er identisch für alle betreuten Programme mit NCP (National Contact Point) abgekürzt.
In Österreich gibt es zudem das Nationale Komitee, welches der österreichischen Positionierung in den Begleitausschüssen (MC – Monitoring Committee) dient.
Auf Programmebene sind zudem weitere Einrichtungen von Relevanz: Die Bescheinigungsbehörde (CA – Certifying Authority) sowie die Prüfbehörde (AA – Audit Authority).
Die Managementstrukturen zeigen sich auch im nachstehenden Organigramm: