Die Schwerpunkte, zu denen transnationale Projekte im Rahmen von SOUTH-EAST EUROPE gefördert werden, orientieren sich an der Strukturfondsverordnung. Zwischen den Programmprioritäten und deren Subeinheiten/ Handlungsfelder (AoI – Areas of Intervention) ergeben sich durchaus Überschneidungen, doch werden Projekte entsprechend ihres Hauptfokus einer AoI einer Priorität zugeordnet.
Im Operationellen Programm wurden vier für Projekte relevante Prioritäten definiert, hinzu kommt als Priorität 5 die Technische Hilfe, welche sich auf die Implementierung des Programms bezieht.
In folgenden Prioritäten können Projekte in SOUTH-EAST EUROPE umgesetzt werden: