Als Prüfbehörde fungiert für das SOUTH-EAST EUROPE Programm das Government Control Office in Budapest.
Zu den Aufgabenbereichen zählt unter anderem die Abwicklung der Second Level Control.
Die Aufgaben und die Rolle der Prüfbehörde sind im Operationellen Programm im Kapitel 7.1.4 beschrieben.