Die Bescheinigungsbehörde ist für die finanzielle Abwicklung des Programms zuständig. Hauptaufgaben der Bescheinigungsbehörde bestehen in der Erstellung und Übermittlung von Zahlungsanträgen an die Europäische Kommission, sowie in der Entgegennahme von EFRE-Mittel (die seitens der Kommission an die Bescheinigungsbehörde überwiesen werden) und deren Auszahlung an die Projektträger.
Die Aufgaben der Bescheinigungsbehörde werden ebenfalls vom Ministry of Finance of Hungary in Budapest wahrgenommen.
Die Aufgaben und die Rolle der Bescheinigungsbehörde sind im Operationellen Programm im Kapitel 7.1.3 beschrieben.