Der Begleitausschuss vergewissert sich, dass das Programm effektiv und ordnungsgemäß durchgeführt wird. Ihm obliegt die Aufsicht über die Verwaltungsbehörde, die Festlegung der Calls for Proposals, die Genehmigung der Projektauswahlkriterien, der Projekte sowie der Änderungsanträge des Programms und die Koordination mit anderen Programmen und Politiken der EU.
Der Begleitausschuss setzt sich aus jeweils zwei Vertretern (von nationaler und regionaler Ebene) der Partnerstaaten zusammen. Ein Vertreter der Europäischen Kommission kann als Beobachter den Sitzungen des Begleitausschusses beiwohnen.
Die österreichischen Interessen werden im Begleitausschuss durch Herrn Dr. Bernhard Köhle vom Amt der Niederösterreichishen Landesregierung und Frau Mag. Alexandra Deimel vom Bundeskanzleramt, Abteilung IV/4 vertreten. Die Abstimmung der österreichischen Interessen erfolgt im Rahmen des Nationalen Komitees.