Die Bescheinigungsbehörde ist für die finanzielle Abwicklung des Programms zuständig. Zu den Aufgaben der Bescheinigungsbehörde zählen insbesondere die Erstellung und Übermittlung von Zahlungsanträgen an die Europäische Kommission, die Entgegennahme von EFRE-Mitteln (die seitens der Kommission an die Bescheinigungsbehörde überwiesen werden) und die Auszahlung dieser Mittel an die Projektträger.
Die Aufgaben der Bescheinigungsbehörde werden vom Magistrat der Stadt Wien, MA 5 (Abteilung für Budget und Finanzen) wahrgenommen.