Die Verwaltungsbehörde ist für die Wirksamkeit und Ordnungsmäßigkeit der Umsetzung des Programms gegenüber der EU und den Partnerstaaten verantwortlich.
Dies beinhaltet den Abschluss sämtlicher Verträge über die Projektförderung durch EU-Mittel, den Aufbau eines Monitoring-Systems und die Finanzkontrolle. Die Verwaltungsbehörde ist somit erster Ansprechpartner für die EU und die beteiligten Partnerstaaten sowie Vertragspartner für die Projektträger.