Der Begleitausschuss vergewissert sich, dass das Programm effektiv und ordnungsgemäß durchgeführt wird. Ihm obliegt die Aufsicht über die Verwaltungsbehörde, die Festlegung der Calls for Project Proposals, die Genehmigung der Projektauswahlkriterien, der Projekte sowie der Änderungsanträge des Programms und die Koordination mit anderen Programmen und Politiken der EU.
Der Begleitausschuss setzt sich aus jeweils zwei Vertretern (von nationaler und regionaler Ebene) der Partnerstaaten zusammen. Ein Vertreter der Europäischen Kommission kann als Beobachter den Sitzungen des Begleitausschusses beiwohnen.
Die österreichischen Interessen werden im Begleitausschuss durch Frau DI Christiane Breznik vom Amt der Wiener Landesregierung und Herrn Mag. Roland Arbter vom Bundeskanzleramt, Abteilung IV/4 vertreten. Die Abstimmung der österreichischen Interessen erfolgt im Rahmen des Nationalen Komitees.
Die Aufgaben und die Rolle des Programmausschusses sind im Operationellen Programm im Kapitel 7.1.1 beschrieben.