Die Verwaltungsbehörde wird in den administrativen Aufgaben (Projekt-Monitoring, Berichtswesen, Förderabwicklung, Beratung, etc.) durch das Gemeinsame Technische Sekretariat unterstützt. Das Gemeinsame Technische Sekretariat ist den Projektträgern bei der Projekteinreichung, der Projektdokumentation, den Kriterien für die Zuschussfähigkeit und bei der Partnersuche behilflich.
Die Durchführung der Aufgaben des Gemeinsamen Technischen Sekretariats erfolgt in enger Abstimmung mit der Verwaltungsbehörde und den National Contact Points. Das Sekretariat bewertet die eingereichten Projekte und unterbreitet dem Programm-Begleitausschuss Vorschläge für die Projektauswahl.